공군 특수비행팀 '블랙이글스'의 조종사 태훈(정지훈)은 에어쇼에서 누구도 시도하지 않았던 제로노트를 감행하다 행사를 난장판으로 만들고, 팀에서 퇴출당한다.
대서(김성수)가 편대장으로 있는 21전투비행단으로 이적된 태훈은 동기생 유진(이하나)과 후배 석현(이종석)을 만나 차츰 적응해가지만, 비행단 내 '탑건'으로 불리는 철희(유준상)와는 사사건건 부딪힌다.
그러던 어느 날, 서울상공에 정체불명의 전투기가 출현했다는 공습경보가 발령되고, 21전투비행단은 비상출격에 나선다. 시민의 안전을 지키는 데 성공하지만, 작전 중 석현이 고립되는 사건이 발생하고, 더욱 커다란 위기가 닥쳐온다.
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